WSL上のubuntuにamber23をインストールした時のメモある段階でcudatoolkitのバージョンが最新すぎると、コンパイルが通らない問題がある。 それを回避するために、gcc-10, g++-10, gfortran-10を導入し、cutatoolkit-11.1を導入した。 homedir直下にlocalフ…

自動的にスリープが解除されていた問題を解決するのに使った。 ネットワーク経由でなぜかwakeupされていたということだったので、 ネットワークコントローラーのスリープ解除をオフにした。www.pasoble.jp

WSL2上でUbuntuのGUIを利用する手段として、Windowsのリモートデスクトップ機能を用いることができる。Windowsのストアより、Ubuntuをインストールしたのちに、Ubuntuを起動させてから、下記のコマンドを順次入力していく sudo apt-mark hold acpid acpi-sup…

平日は仕事をしながら、ネタを考えて記事をアップするのはなかなか難しいですね。いや、ネタはいっぱいあるんだけど、ネタを吸収するための土壌を得るには、三日くらいの連休がないと、エンジンがかからないです。平日本気だしすぎている証拠だな。

データベースの中に、同じ化学構造が入っていて、あーーってことあります。自分が作っていないと、余計に気になります。なので、確かめるプログラムを作っています。 import pandas as pd from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllCh…

Graph Convolutional Network XenonPyのiQSPRデモで用いた量子化学計算データを使って、学習可能かどうか試してみた。二つの値を同時に予測するモデルを作成し、50ステップほどやってみました。エネルギーは簡単に学習されますが、バンドギャップはもう少し…

あとで読もうかなという論文たち https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0927025619305026 https://proceedings.mlr.press/v162/stark22a.html https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssuschemeng.2c05225 https://arxiv.org/abs/2303.08272…

iQSPR 今回の検討で分かったことがある。「SMILESの微小改変に追従するぐらい予測モデルの値が変化しないとXenonPyによる構造改変が機能しない。」少ない記述子で十分に予想できるモデルを作成したとしても、iQSPRを実行するとターゲット領域の構造を探索し…

モデル作成XenonPyの記述子クラスと、これまで作成した交差検証関数をつかって、モデルを作成し、HOMO-LUMOギャップに対する予測精度を上げる方法を探索した。目指す目的は、短い学習時間で最良の結果を得ることである。人間の頭でパラメーターを変更して行…

「Xenonpyを使ったiQSPRコードを生成して」と聞いて生成されたコード。多分違う。 import pandas as pd from xenonpy.descriptor import Compositions from xenonpy.model import XGBRegressor from xenonpy.utils import settings from xenonpy.datatools i…

学習モデルについては、かなりな勢いで進化を遂げていて、深層学習は任意の写像を表現できる強力な手法でもある。 ニューラルネットワークと深層学習 (nnadl-ja.github.io) 「まず、この表現はニューラルネットワークは任意の関数を完全に計算できる事を意味…

前回まで dango0dan5.hatenablog.com N-gram ようやく、書籍を手にすることができた。iQSPRの基本的な概念が日本語で記載されているので、コードの理解にも役に立つ。Xenonpyはいろいろと便利なクラスが用意されているし、ドキュメントもコード内にも細かく…

前回のおさらい dango0dan5.hatenablog.com XenonPyを使って記述子を設定する方法を学んだ。記述子にECFP6を選んだ。 run tools.ipynb from xenonpy.descriptor import Fingerprints # load in-house data data = pd.read_csv("./iQSPR_sample_data.csv", in…

動作確認 Jupyter notebookをvisual studio codeの中で利用すると、わざわざコマンドで実行しなくても良いので便利です。atmarkit.itmedia.co.jp最低限の機能があるので、利用には必要十分だと思います。早速、Xenonpyをインストールしたので、github上のサ…

訓練済みモデル Xenonpy公式サイトによると、訓練済みモデルライブラリXenonpy.MDLが利用できなくなっているようだ。version 0.7（2024年予定）にて利用可能なように目指すということ。 yoshida-lab/XenonPy: XenonPy is a Python Software for Materials In…

動機 2023年3月17日より、Xenonpyを使った機械学習の方法を勉強するためにしばらくは、Xenonpyに関する事柄を自分のために記録する。小目標として、「Xenonpy(https://github.com/yoshida-lab/XenonPy)を使いこなす。」 を掲げて、しばらく続けていく。 しか…

機械学習に関する情報の収集と、コードのメモを書いていきます。